在降雨集中的季节，一旦雨水进棚，不仅会对棚室蔬菜的种植产生特别大的影响，对大棚棚体也造成很大危害。所以在建造棚室时，一定要注意排水防涝，做出相应的改进。
蔬菜大棚是一种投资所需成本高，使用年数的限制长的固定措施，一旦建造选址不佳，必将影响以后的棚室蔬菜生产。就防范洪涝灾害而言，建棚场地不宜选地势低洼、靠近湖泊河流的地块，以避免汛期来临时，排水困难，甚至会出现雨水倒灌等问题。另外，别选地下水位高的地方建棚，降雨会引起水位上涨，这是防范洪涝灾害的基础。
例如在某地，在十几年前修高速公路时，大量取土形成了一个占地六七十亩的大坑，低于地面三米左右。随着近几年土地资源的紧张，前些年一直没人注意的大坑也被人承包，平整后建了多个大拱棚。可仅仅种了一年，随着北方地区降雨量的增加，地下水位迅速恢复，从没出现过积水的大坑低洼处慢慢的出现积水，两年以后棚室已经全被淹没，没有办法进行蔬菜生产，损失惨重。建议菜农建棚一定要选择地势高、排水通畅的地方建棚，防止积水灌棚现象。
随着现在棚室建设的发展，墙体、棚宽虽然虽然加高、加宽了，但是排水系统却被大家忽略了，多数棚区没有完善的排水系统，大雨过后不少棚室变成了“池塘”，大棚棚底就等于一个“湾底”。要想从根本上解决这一问题，必须修建完善的排水明渠。
修建排水明渠的技术要点，一是在大棚建造设计时，就要考虑到排水问题，加大棚间距，避免棚内以及棚前地面过低，导致排水不畅。注意将棚前地块宽度加大到6-8米，并在棚前脸处建筑一道1米宽、30-40厘米高的“土坝”，这样棚前就有了一个比较大的“蓄水池”，尽可能的避免积水入棚。雨水不大时，棚前积水便可集中起来，慢慢渗入地下。
二是改进大棚建造技术。在大棚建造过程中，堆砌墙体所需的泥土，最好从棚前空闲地块、棚东西两侧的道路等处取土，降低这两处的高度，避免棚内外相差过大。
三是在道路两侧、大棚东西两墙边沿，挖设一道宽50厘米、深50厘米左右的排水沟，将棚前“蓄水池”与此沟相连，避免棚前“蓄水池”被孤立。如此一来，遇到大雨时，棚前“蓄水池”的水比较多时，便可流入大棚东西两墙外侧的排水沟内。若将所有棚室的排水沟连接在一起，最终可将积水引流到棚区周边的河流或深坑内，从而起到排水防涝的作用。
一是要用无纺布、塑料薄膜等将后墙盖严实，以防雨水冲刷。对于新建棚体，更要注意覆盖好防雨材料，防止雨水浸湿后出现坍塌现象。
二是在建造大棚后屋面时，注意添加一层防雨布，以防雨水浸湿后屋面，导致漏雨。
三是大棚立柱在埋设时，要注意在其下部压实并垫块砖，以防雨水灌棚后，导致立柱下陷。
四是修建良好的棚内浇水渠，最好用水泥将棚内墙体基部处理一下，以防水浸湿墙体，影响墙体牢固性。
对于拱棚，也要注意在两棚之间挖设排水沟，同时在拱棚东西两侧底端设置“防水膜”，高度在30厘米左右。下雨时，注意及时关闭风口，以防雨水进棚。
对于连体大拱棚，建议在棚屋面中间处设置“排水槽”，以解决排水难的问题。通过设施上的调整，增强棚室设施的防雨能力，有备无患，以免后期出现大暴雨时损失惨重。
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